Los Reales Estudios de San Isidro, fundados en 1770, se incorporan a la Universidad de Madrid en la década de los cuarenta del siglo XIX

Tras una primera mudanza al edificio de las Salesas Nuevas, el rectorado de la Universidad Central y sus dependencias administrativas quedaron instaladas en el antiguo noviciado de los jesuitas en la calle San Bernardo

Trasladada la documentación a Madrid, y ubicada ya en el edificio del antiguo noviciado, el Archivo emprendió una reorganización de sus fondos

A finales del siglo XIX, archivos y bibliotecas universitarias se funden en un único servicio.

De los trabajos de organización y descripción del Archivo se daba cuenta a la Junta Superior Facultativa.