De los trabajos de organización y descripción del Archivo se daba cuenta a la Junta Superior Facultativa.

En 1924 la Junta Superior Facultativa emite un dictamen según el cual los fondos anteriores a 1901 serían trasladados al Archivo Histórico Nacional.

A finales del siglo XIX, archivos y bibliotecas universitarias se funden en un único servicio.

Trasladada la documentación a Madrid, y ubicada ya en el edificio del antiguo noviciado, el Archivo emprendió una reorganización de sus fondos