En la década de los cincuenta del siglo XX, el rectorado de la Universidad, la secretaría general y otras dependencias se trasladaron desde la sede de San Bernardo al edificio de la calle Isaac Peral proyectado por Sánchez Arcas.

En 1858 se crea el Archivo General del Reino en Alcalá de Henares.

La primera sede de la Universidad en Madrid estuvo en el convento de las Salesas Nuevas, en la calle San Bernardo.

Los Reales Estudios de San Isidro, fundados en 1770, se incorporan a la Universidad de Madrid en la década de los cuarenta del siglo XIX

Tras una primera mudanza al edificio de las Salesas Nuevas, el rectorado de la Universidad Central y sus dependencias administrativas quedaron instaladas en el antiguo noviciado de los jesuitas en la calle San Bernardo

Trasladada la documentación a Madrid, y ubicada ya en el edificio del antiguo noviciado, el Archivo emprendió una reorganización de sus fondos

A finales del siglo XIX, archivos y bibliotecas universitarias se funden en un único servicio.

De los trabajos de organización y descripción del Archivo se daba cuenta a la Junta Superior Facultativa.