Trasladada la documentación a Madrid, y ubicada ya en el edificio del antiguo noviciado, el Archivo emprendió una reorganización de sus fondos

A finales del siglo XIX, archivos y bibliotecas universitarias se funden en un único servicio.

En 1924 la Junta Superior Facultativa emite un dictamen según el cual los fondos anteriores a 1901 serían trasladados al Archivo Histórico Nacional.

De los trabajos de organización y descripción del Archivo se daba cuenta a la Junta Superior Facultativa.

Tras el final de la Guerra, se proyecta la reconstrucción de los edificios de la Ciudad Universitaria de Madrid. El proyecto conservaba muchos elementos del original, pero con un nuevo discurso arquitectónico.

Las cartelas son trozos de cartón o madera, usados para identificar los expedientes contenidos en los legajos. En este caso identifican la correspondencia de la Escuela con el Ministerio de Fomento.

El Archivo General recibe periódicamente documentación de las facultades. La más voluminosa son los expedientes académicos de los alumnos.

Tras una primera mudanza al edificio de las Salesas Nuevas, el rectorado de la Universidad Central y sus dependencias administrativas quedaron instaladas en el antiguo noviciado de los jesuitas en la calle San Bernardo