Un primer y efímero ensayo. El Trienio Liberal

Durante el Trienio Liberal, tras el pronunciamiento del General Riego en 1820, la Constitución de 1812 vuelve a estar vigente.

En octubre de 1820 se presenta a las nuevas Cortes un Proyecto de Decreto para el arreglo General de la enseñanza pública, similar al presentado en 1814. El desarrollo legislativo cristalizará en el Reglamento General de Instrucción Pública que se aprueba el 29 de junio de 1821, en el que se plantean las bases generales de la enseñanza pública. 

El proyecto liberal plantea una nueva Universidad centralizada, con un carácter homogeneizador y unificador, además debe ser civil, laica y estatal. Debe estar adaptada a los nuevos tiempos, configurarse como una universidad moderna frente a los postulados que caracterizaba a la Universidad del Antiguo Régimen.

La Universidad de Alcalá se convierte en blanco del enfrentamiento ideológico entre el absolutismo del Antiguo Régimen, amparado en las aulas complutenses, y la ideología liberal defensora de la creación de una Universidad nueva y central establecida en la capital del reino, que dejará atrás la imagen de una institución anticuada y decadente.