La creación del Ministerio del Interior y la Junta de Instrucción Pública, durante el reinado de José I, agrupó la organización de la enseñanza y el desarrollo de la actividad investigadora. En este contexto se establecen varias instituciones científicas en nuestro país:  el "Real Museo de Historia Natural" (1810), que será el germen del futuro "Museo de Ciencias Naturales" (1815), compuesto por un Gabinete de Historia Natural, el Jardín Botánico, el Laboratorio del Química, el Real Estudio de Mineralogía y el Observatorio Astronómico. La integración del Gabinete de Historia Natural en la Universidad Central y, más concretamente, en la Facultad de Ciencias, son la clave para explicar el fondo documental que conserva el Archivo General. 

Con motivo del bicentenario del Museo del Prado, inaugurado en 1819, el Archivo General ha querido mostrar una serie de documentos custodiados en sus depósitos que testimonian los antecedentes de la creación de un Museo Nacional de Pintura.