A finales del siglo XVIII, el proyecto de una sede para la Academia de Ciencias fue motivo suficiente para encargar al arquitecto Juan de Villanueva la construcción del Museo del Prado, que se inició en 1785 y continuó hasta 1794, fecha en la que se pararon los trabajos. En el momento de la ocupación francesa, en 1808, el edificio se encontraba inacabado y en mal estado, fruto de sucesivos saqueos. Sin embargo, persisitía la idea  de convertirlo en Real Museo de Historia Natural por lo que se solicitaron informes a Juan de Villanueva para acomenter su restauración.

Con la expulsión de los franceses, Fernando VII retornaría como el legítimo sucesor de la corona española, retomando el proyecto que José Bonaparte se vio obligado a abandonar. Así, en 1819 se inaugura el Museo del Prado en el edificio proyectado por Juan de Villanueva para albergar el Gabinete de Historia Natural.