A finales del siglo XVIII, el proyecto de una sede para la Academia de Ciencias fue motivo suficiente para encargar al arquitecto Juan de Villanueva la construcción del Museo del Prado, que se inició en 1785 y continuó hasta 1794, fecha en la que se pararon los trabajos. En el momento de la ocupación francesa, en 1808, el edificio se encontraba inacabado y en mal estado, fruto de sucesivos saqueos. Sin embargo, persisitía la idea de convertirlo en Real Museo de Historia Natural por lo que se solicitaron informes a Juan de Villanueva para acomenter su restauración.
Con la expulsión de los franceses, Fernando VII retornaría como el legítimo sucesor de la corona española, retomando el proyecto que José Bonaparte se vio obligado a abandonar. Así, en 1819 se inaugura el Museo del Prado en el edificio proyectado por Juan de Villanueva para albergar el Gabinete de Historia Natural.
Informe del arquitecto Juan de Villanueva solicitado por el Ministerio del Interior sobre el estado en que se encuentra el edificio del Museo del Prado (21 de diciembre de 1810).
Nota resumen del Ministerio del Interior del informe emitido por el arquitecto Juan de Villanueva (21 de diciembre de 1810).
Oficio del Ministerio del Interior dirigido al gobernador de Madrid, solicitando que, dada la aprobación de las obras de reparación de las cubiertas del Museo del Prado, la tropa alojada en el edificio no ha de obstaculizar la entrada de materiales (8 de enero de 1811).
Informe del marqués de Almenara, ministro del Interior, dirigido al rey sobre la necesidad de aprobar un anticipo de dinero para la reparación urgente de las cubiertas del Museo del Prado (14 de enero de 1881).