Los orígenes del Archivo de la Universidad Complutense se remontan a la creación de los primeros colegios alcalaínos a principios del siglo XVI. La documentación generada en sus más de tres siglos de trayectoria fue trasladada a Madrid en 1836 junto con las colecciones bibliográficas y otros bienes patrimoniales de la Universidad.

Aunque en la segunda mitad del siglo XIX el Archivo fue adquiriendo una entidad definida, vinculado a la Junta Facultativa del Cuerpo de Archiveros, la escasez de todo tipo de recursos, y, fundamentalmente, la inexistencia de una sede y un personal especializado al cargo del mismo, impidieron que lograra la solidez necesaria para mantenerse firme en años posteriores.

Su agregación orgánica a la Biblioteca universitaria, primero, y la fractura en la atribución de las competencias sobre el patrimonio documental entre esta y la Secretaría General, más tarde, agudizaron su indefinición; un escenario que se ha perpetuado hasta la primera década del siglo XXI, cuando el Archivo Histórico queda integrado en el Archivo General, entendido ya como órgano responsable del patrimonio documental complutense en sus distintas fases.