La creación del Cuerpo Facultativo de Archivos y Bibliotecas y de la Junta Superior Facultativa impulsaron los trabajos de organización y descripción de la documentación del Archivo. Pese a ello, los recursos de todo tipo fueron siempre muy limitados, como se recoge en los documentos de trabajo enviados a la Junta. Esta falta de medios, unida al aumento constante de los fondos, provocaron contínuos envíos de documentación al Archivo General del Reino, primero, y al Histórico Nacional, más tarde.