La Real Orden de 7 de agosto de 1895 decretó la agregación de los archivos universitarios a las correspondientes bibliotecas, pese a que el dictamen previo de la Junta Facultativa excluía de esta agregación a los archivos universitarios de Madrid y Barcelona, por el mucho movimiento de expedientes. Poco tiempo después, salía al Archivo Histórico Nacional la documentación de los colegios alcalaínos, y, unos años más tarde, en 1924, parte de la generada por la Universidad Central.