El proyecto de concentrar las facultades y demás dependencias universitarias en un único campus se vio truncado por la Guerra Civil. La Ciudad Universitaria se convierte en frente de la defensa de Madrid desde los primeros meses de la contienda. Finalizada esta, la Ley de Universidades de 1943 fracturó las competencias sobre el patrimonio documental entre la Biblioteca y la Secretaría General, lo que agudizó la indefinición del Archivo.